В 1891 году Петр Иванович Щукин, знаменитый коллекционер из семьи московских купцов Щукиных - торговцев тканями, покупает участок земли с двумя деревянными домами на Малой Грузинской улице. Коллекция российских древностей, которую Петр Иванович собирал много лет со всей щукинской страстью, приобретая старинные предметы на ярмарках в Нижнем Новгороде, Киеве, других городах России, у антикваров Европы уже не помещалась в старом родительском доме. Да и сам дом в переулках Пречистенки не подходил для коллекции, где были предметы Востока, ковры, книги, ткани, бронза, изделия японских, китайских и индийских мастеров, портреты, картины, камергерские ключи…
В 1891-1893 году архитектор Борис Фрейденберг строит в глубине участка краснокирпичный «теремок» в русском стиле. Архитектор вдохновлялся ярославским зодчеством и построил «древнерусский терем» со ступенчатым шатровым крыльцом, покатыми крышами и крышей «дынькой» с шахматным орнаментом. Высокие башенки украшали флюгера в виде флажков и двуглавых орлов. Восточный фасад был украшен балконом - копией балкона палат бояр Романовых на Варварке. Стены цокольного первого этажа украшены «бриллиантовым» (четырехгранным) рустом, а стены второго этажа отделаны кирпичом с многоцветными изразцами. Башенка крыльца на втором этаже украшена круглым медальоном с барельефом в виде крылатого единорога. В русском же стиле были сделаны и интерьеры: своды украшены росписями с растительными мотивами, колонны и полуколонны украшены «дыньками», в комнатах - изразцовые печи.
Очень быстро коллекция перестала помещаться и в «теремке», и в 1897-98 гг. архитектор А.Э Эрихсон выстраивает по красной линии улицы «теремок» побольше, с парадным входом с улицы. «Старый Музей» был соединён с «Новым Музеем» подземным туннелем, сделанным из кирпича, с круглым сводом, вдоль стен которого тоже располагались экспонаты. Напротив «Нового музея» по красной линии улицы в 1905 г. по проекту архитектора Ф.Н. Кольбе был возведен одноэтажный музейный склад для хранения архива.
Весь музейный комплекс обошелся П. И. Щукину в 200 000 рублей. Хотя все три здания построены разными зодчими, они создают удивительно гармоничный ансамбль. С 1895 года музей был открыт для свободного посещения с 10 до 12 часов, кроме Нового года, 1-го дня Пасхи, 25 декабря – на Рождество и 29 июня – именины П.И. Щукина. Закрывался музей и в случаях его поездок на Нижегородскую ярмарку или за границу. При этом, если посетитель чем-то особенно интересовался, то владелец сам давал пояснения и комментарии к своей коллекции.
«В новом здании (уличном корпусе) было сосредоточено преимущественно искусство XVIII в., иностранный и восточный отделы, персидские и другие ткани, получившие очень высокую оценку на Международной выставке в Мюнхене в 1908г. Часто мне нужно было что-либо искать по модам эпохи ампир. Щукин обычно отдавал ключ от уличного корпуса: «Пройдите сами туннелем, там, в новом доме есть во втором зале низкий шкаф, в нем отыщете, есть какие-то листы мод». Пусто в туннеле, старинные расписные сани стоят у стены; никого нет (Щукин не любил лишних обслуживающих), лестница в новое здание, сплошь убранная печными изразцами. Тишина в новом здании, а улица Малая Грузинская тогда была тихой, ни звука. Со стен и из витрин сияет искусство Востока; огромное полотно Тьеполо, картины французов, портреты – все это было сосредоточено в четырех больших залах 1-го этажа, 2-й этаж был жилым, но обставленным музейной меблировкой», - вспоминал известный архитектор И.Е. Бондаренко, который часто бывал в Музее П.И. Щукина.
В 1905 г. Петр Иванович подарил свой музей Российских древностей вместе со всем комплексом зданий Российскому Историческому Музею. В то время собрание Щукина, насчитывающее более чем 300 тысяч ценных предметов, превышало фонды Исторического музея. Музей стал именоваться так: «Отделение Императорского Российского Исторического музея имени императора Александра III – музей П.И. Щукина». До конца жизни Петр Иванович оставался попечителем своего музея, продолжая содержать его и пополнять коллекцию.
В 1917 году Музей П.И. Щукина был закрыт. Большая часть коллекции перевезена в основное здание Исторического музея, экспонаты восточного отдела переданы Музею искусств народов Востока, русские картины - Третьяковской галерее, часть коллекций прикладного искусства – Оружейной палате, ноты - библиотеке Московской консерватории, а книги - Исторической библиотеке.
В самих зданиях Музея П.И. Щукина одно время находились фонды Музея старой Москвы, затем - Музей Центрально-промышленной области, с 1928 г. — студенческое общежитие, а с 1934 г. - Биологический музей им. Тимирязева, который находится здесь и сегодня.
